在中国现代高等教育史上，最早提出并实践“教授治校”主张的当属蔡元培。他对北京大学的改造，开创了中国教育新的纪元。

　　整顿北大，践行教授治校新理念

　　1907年，已40岁的蔡元培留学德国，在以“实干精神”著称的“莱比锡大学”从事心理学、美学、哲学研究。其间，蔡元培发现德国的大学管理十分民主。校长和各科学长由教授会公选，每年更迭一次。而且，校长由神学、医学、法学、哲学各科教授按年轮流担任，学生从来没有因为校长的去留而出现问题。

　　回国后，蔡元培极力主张效仿德国大学制度，实行教授治校、民主管理。1912年，蔡元培出任南京临时政府教育总长，亲手起草《大学令》，第十六条明确提出：“大学设评议会，以各科学长及各科教授互选若干人为会员，大学校长可随时召集评议会，自为议长。”第十八条则要求：“大学各科各设教授会，以教授为会员，学长可随时召集教授会，自为议长。”

　　1917年1月，蔡元培出任北大校长，开始践行其教授治校的办学理念。

　　北京大学的前身是京师大学堂，当时教师多为翰林院腐儒，有的教师不学无术，一心只想当官。学生多出身于贵族官僚或豪门之家，上学堂只为升官发财。那时在学生中流行“结十兄弟”的风气。十个气味相投的学生结拜作兄弟，毕业后大家钻营作官，谁的官大，其他九人就到他手下当科长、当秘书，捞个一官半职，“有福同享”。这个官如果是向军阀或大官僚花钱买来的，那么钻营费由10人分摊。

　　有的学生上课还带着听差。上体育课时，教员要毕恭毕敬地喊“老爷向右转，大人开步走”；一些有钱的教师和学生，吃过晚饭后就坐洋车直奔妓院云集的“八大胡同”。民国成立后，京师大学堂改称北京大学，但由于受到“老爷”式学堂传统的影响，沉疴依然严重。

　　蔡元培知难而上。“外人每指摘本校之腐败，以求学于此者，皆有做官发财思想。”在刚就任北大校长后举行的开学典礼上，他开宗明义明确提出自己的主张：大学乃“研究高深学问之地”，“入法科者，非为做官；入商科者，非为致富。”他针对北大的现状，强调三点：“一曰抱定宗旨”，“二曰砥砺德行”，“三曰敬爱师友”。此举给北大吹来了最初的新风。

　　要整顿北大的陈腐陋习，蔡元培认为 “只有从聘请积学而热心的教员着手”。1916年12月26日，总统黎元洪下令，任命蔡元培为北大校长。当天，蔡元培便造访因事进京的陈独秀，极力邀请他加入北大，出任文科学长。当时，陈独秀因主办《新青年》，为“民主”与“科学”鼓与呼，早已名动大江南北。陈独秀白天四处奔波活动，晚上喜欢看戏，经常晚睡迟起。蔡元培差不多天天去拜访陈独秀，有时去得早，他就招呼茶房，不要叫醒陈独秀，只要拿个凳子给他坐在房门口等候即可。最初，陈独秀不想受聘，说要回上海办《新青年》。蔡元培就劝他：“把《新青年》杂志搬到北京来办”，最后陈独秀终于为蔡元培的真诚感动，接受了邀请。

    继陈独秀之后，胡适、梁漱溟、鲁迅等一批饱学之士，先后被礼聘至北大，出任教职。校风的整顿和众多开风气之先的精英人物的加盟，为蔡元培推行教授治校，提供了思想和舆论的支持。

　　教授治校，民主管理

　　最早向蔡元培建言教授治校的是北大教授沈尹默。“中国有句古话，百足之虫，死而不僵，与其集大权于一身，不如把大权交给教授，教授治校。”沈尹默力主根据章程，成立评议会，“这样，将来即使您走了，学校也不会乱”。蔡元培深以为然，完全采纳。

　　出任北大校长第一年，蔡元培就主持制定了《北京大学评议会规则》，同时组建了大学评议会，作为学校最高立法机关和权力机关，以让更多的教授议决立法方面的事。凡学校法规、学科的设立与废止、课程的增减与改革、聘请新的教授等重要事项，均须经评议会审核通过后，方可实施。

　　评议会由评议员组成，校长为议长。评议员包括各科学长和主任教员、各科教授每科2人，由教授自行互选，任期1年。1917年底，北大共推选出评议员19人，当时，年仅20多岁的青年才俊胡适，便为文科评议员。

　　从1918年起，为让更多的教授参与学校事务，蔡元培根据《北京大学学科教授会组织法》，在北大各学门（系）设立教授会，规划各学科的工作。学科教授会主任由各学科教授互选，任期2年，无论教授、讲师、外国教员，都是会员。而担任各教授会主任的则为一时之贤德，如经济门教授会主任即为马寅初，他后来先后出任北大和浙大校长。

　　当时，北大共成立了11个学门教授会,教授会对学科内部事务有很大的自主权,不受他人干涉。这些教授会相当于学门一级的评议会,为贯彻教授治校打好了基础。

　　随后，北大行政会议、教务会议和总务处也先后成立。此前，北大开教务会议时，有讲英文的旧习。蔡元培规定开教务会议时一律用中文。开始时，外国教授表示反对——“我们不懂中国话”。蔡元培答：“假如我在贵国大学教书，是不是因为我是中国人，开会时你们说的便是中国话？”外国教授无以对答。从那时起，北大开会发言一律讲中文，不再用英文。

　　到1920年9月，蔡元培已在北大建构了颇为成熟的教授治校管理体制。当时数千人规模的北大，只有一位校长，没有副校长，校长办公室也只设秘书一人，处理日常往来函件。行政会议、教务会议、总务处三足鼎立，职责分明，各司其职，形成了民主高效的管理机制。

　　两递辞呈：绝不再做政府任命的校长

　　在实行教授治校的过程中，如果出现学生不执行学校规定的情形，蔡元培也绝不会姑息。

　　1922年10月，由于北洋政府屡屡拖欠教育经费，各大学财政状况大多不理想，而讲义印刷需要费用，以北大为例，此项开支便“岁达一万余元”。为此，北大评议会通过一项议案，规定需要讲义的学生必须先购讲义券，然后才可得到讲义。此举未能得到学生理解，迅速升级为学生抵制学校决定的“讲义风波”。数百学生集合示威，要求学校收回成命。

　　蔡元培闻讯，立即赶到现场，告谕学生必须服从学校规定。多数学生散去，但仍有一些示威学生不予理睬，甚至涌进办公室，要找主张这条“可恶规定”的人算账。蔡元培一改往日的温良，在红楼门口挥拳作势，怒目大声道：“我给你们决斗！”包围他的学生见此纷纷后退。后来，蔡元培还对那些来势汹汹的学生说：“我是从手枪炸弹中历练出来的，你们如有手枪炸弹，尽不妨拿出来对付我”。最后，风潮由胡适调停解决。

　　历来强调“思想自由，兼容并包”的蔡元培，更受不了官僚、政府对北大办学的横加干涉。

　　早在1919年“五四”运动中，蔡元培因不满北洋政府对学生的镇压和迫害而愤然辞职，5月9日悄然离京。这次辞职引发各方广泛的“挽蔡行动”，北京各大专学校校长于5月13日齐上辞呈。

　　6月15日，蔡元培发布《不肯再任北大校长的宣言》：我绝对不能再做那政府任命的校长，为了北京大学校长是简任职，是半官僚性质......天天有一大堆无聊的照例的公牍。要说稍微破点例，就要呈请教育部，候他批准??我是个痛恶官僚的人，能甘心仰这些官僚的鼻息么？蔡元培还在宣言中表示：“我绝对不能再做不自由的大学校长”，“我绝对不能再到北京的学校任校长”。不过，在各方的极力“慰留”下，蔡元培还是再度出任北大校长。

　　1923年1月17日，蔡元培再次愤而辞职，次日在《晨报》上刊发声明：“元培为保持人格起见，不能与主张干涉司法独立、蹂躏人权之教育当局再生关系，业已呈请总统辞去国立北京大学校长之职，自本日起，不再到校办事，特此声明。”

　　蔡元培这次辞职，缘于“罗文干案”。罗文干字钧任，广东番禺人，清末留学英国，专攻法学，获牛津大学硕士学位，归国后长期任职于司法界，时任财政总长，曾是北大法科兼课讲师。当时的直系军阀和部分官僚政客们一手制造了“罗文干案”，控告罗文干贪污受贿，胁迫黎元洪下令逮捕罗文干；罗文干第一次被捕后因证据不足被无罪释放，但新任的教育总长彭允彝却在内阁会议上提议“再来过”，结果罗文干再次被捕入狱。

　　蔡元培愤怒了，他尤其对“顶头上司”、教育总长彭允彝的卑污人格憎恶万分，毅然提交辞呈，以示耻于为伍，并毫不留情地抨击了军阀政客们的所作所为——“耳目所及，举凡政治界所有最卑污之罪恶，最无耻之行为，无不呈现于中国”，“元培目击时艰，痛心于政治清明之无望，不忍为同流合污之苟安，尤不忍于此种教育当局之下支持教育残局，以招国人与天良之谴责”。7月，蔡元培偕家人赴欧从事学术研究，直到1926年归国。

　　蔡元培一直希望教育独立，脱离政治，他最不能容忍官僚政客对教育的百般干扰，甚至不惜辞职以抗争。为此，蔡元培出任北大校长期间，在校时间少而离校时间多，但北大校务却并没有因此而陷于停顿。后来，很过人都把这归因于蔡元培在北大确定的评议会以及教授会等制度和政策。