由于现存大熊猫种群的减少，其基因重建可能无法准确描述这一物种的进化历史，科学家一直在寻找从古代大熊猫化石提取到线粒体基因组或核基因组的方法。

2014年，付巧妹团队成员张颖奇等人在广西乐业的慈竹坨洞发现一熊猫个体，它生存的年代在末次盛冰期前后。在中国南方炎热潮湿的条件下，DNA的保存非常困难，对数万年前的样本进行基因重建更是举步维艰。付巧妹团队利用古DNA捕获技术，使该骨骼材料中仍然存在的极其微量的DNA得以富集。

团队将慈竹坨洞个体的线粒体与138个现存熊科个体和31个古代熊科个体的线粒体比较分析，发现相对于其它熊类而言，慈竹坨个体的线粒体DNA与现存大熊猫的遗传关系最为亲近；而大熊猫与其它熊类在1200—800万年前拥有最直接的母系共同祖先。但慈竹坨个体所属的种群与现存大熊猫的祖先是分离且并存的。

线粒体DNA提供的只是一个基本数据点，而核DNA却是将父母的核DNA混合形成后代的核DNA，可提供数以万计的数据点，更便于了解相关种群的历史。专家认为，此项研究成果，意味着获取大熊猫的古核DNA亦指日可待，这将对准确研究大熊猫的进化史起到重要作用。