在实验室立项申请方面，《办法》要求研究团队拥有知名学术带头人和年龄与知识结构合理、富于创新；还要求实验室面积不低于3000平方米，仪器设备总价值不低于2000万元。依托学科应为高等学校的优势和特色学科，或是新兴交叉学科，并符合实验室建设规划和指南。实验室申请立项时，一般应是已良好运行2年以上的行业、地方、校级重点研究机构，具有较完善的管理制度。

根据教育部发布的实验室建设指南和要求，符合立项申请基本条件的高等学校按规定格式填写《教育部重点实验室建设申请书》。高等学校应确保申请书内容的真实性，并签署配套经费及条件保障等意见，经主管部门审核后报教育部。

教育部组织专家对《教育部重点实验室建设申请书》进行评审，择优立项，向高等学校批复立项结果，并抄送其主管部门。根据立项批复，高等学校组织编制《教育部重点实验室建设计划任务书》，并组织专家组对实验室建设计划进行可行性论证。论证后的建设计划任务书和论证报告报主管部门和教育部备案。

实验室建设坚持“边建设、边运行”的原则。鼓励部门、地方、企业参与共建。建设应严格按照《教育部重点实验室建设计划任务书》的内容实施，建设期一般不超过3年。逾期未通过验收的实验室，取消立项建设资格。

建设任务完成后，高等学校经自查后向主管部门和教育部报送《教育部重点实验室建设验收报告》，并提出验收计划安排。实验室建设验收由教育部组织或委托相关部门进行。验收专家组一般由学术专家和管理专家组成。验收专家组依据建设计划任务书及验收报告，进行综合评议，形成验收意见。通过验收的实验室，经教育部认定后正式开放运行。

地方、行业的重点研究机构建设发展成为开放运行的教育部重点实验室后，可以同时保留其原有的地方、行业重点研究机构名称，地方政府和行业部门可继续按照原有渠道和方式给予支持。