南山区教育局通过南山少年创新院开展跨学科课程和创新课程，学生实践项目和教师培训项目，各级创新竞赛和创新人才培养活动，充分利用南山区高科技企业云集、科研院所集中的特点，整合社会资源，重点打造“六个一”工程。包括100个创新实验室、100个科技创新教育项目、100门科技创新课程、100个科技创新课题、100位科技创新教育导师、100名南山少年创新院小院士。

截至2017年12月，南山少年创新院已经挂牌25所分院学校，培养并评选出31位小院士，建设了60个创新实验室，建立了100多个学生科技社团，开发实施了150多个创新教育项目，产生了一批实质性成果。2016年，西丽小学陈颖臻同学的作品《磁悬浮地震仪》获得第69界纽伦堡国际发明博览会金奖。2017年，华侨城小学高云路同学的作品《眼肌力检测仪》再获得第69界纽伦堡国际发明博览会银奖和2017世界创新力金奖。西丽小学的吴思颖同学的作品《华南植物组培》获得2017年世界植物学大会金奖。

此外，还产生了南山实验教育集团麒麟小学的智能书包、鼎太小学的西瓜检测仪、南头小学的研究性科技论文；南山外国语高新中学的科技小课题、南山外国语文华学校的智能提醒奶箱；育才教育集团育才四小的智能鞋柜；大新小学的SOS多功能安全帽等一大批学生创新作品。

为贯彻落实创新教育，南山区教育局制定了《南山科技创新教育特色建设方案》及其配套的几个办法。