2009年8月12日台湾遭受"莫拉克"特大风灾以来，壹基金及壹基金家人一直对台湾地区的紧急救援与灾后重建保持强烈关注并积极展开联合劝募行动。截至9月2日晚12时，共募集善款3，840，857元，其中个人捐款1，840，857元，捐款人数超过1，017，960人次；企业捐赠200万元。

继8月12日壹基金先行紧急拨付30万元救灾款项用于对台湾地区的救助后，壹基金紧急联合九大网站：腾讯、新浪、搜狐、网易、淘宝、开心网、优酷网、天涯社区、凤凰网为台湾风灾进行劝募，同时，腾讯集团在灾难发生第一时间向壹基金捐助200万元。壹基金在各大门户网站的联合劝募行动中，通过与支付宝、财付通、快钱联合开通的网络捐助平台为台湾风灾共筹款539，369元，参与家人达28044人次。通过银行汇款筹得301161元，成功交付笔数为249笔。壹基金执行主席周惟彦表示：以上所筹款项将用于台湾风灾中罹难家属的家园重建。

壹基金创始人李连杰先生作为中国红十字会"博爱大使"及世界卫生组织"亲善大使"，于8月14日急赴台湾深入台南灾区慰问灾民，并协助当地进行救灾，之后参与CCTV-2《开学第一天》节目的录制，并在节目现场号召大家，拿起手机，捐助一块钱，集合家人的力量，为台湾地区的孩子们重建一所希望小学，让她们早日回到校园。在9月1日《开学第一课》节目播出后，壹基金通过中国移动、中国联通开辟的"1069999309"短信捐款平台为台湾风灾募集善款1，000，327元，参与短信捐款的家人达989667人次。壹基金执行主席周惟彦表示，《开学第一课》所筹款项将用于台湾希望小学的重建。